La intermodalidad es una de las carencias más claras del sistema de transporte público metropolitano. Cada uno de los modos, y dentro de ellos cada una de las líneas, a excepción del subte, opera independientemente sin facilitar el trasbordo entre ellas.  El déficit de calidad en la prestación del servicio y la fragmentación del sistema ferroviario -con inadecuada interconexión con otros modos- es una de las causas del crecimiento de los viajes en automóvil y autobús. La penalización de los transbordos es la causa principal de la pérdida de cuota de demanda de los modos de transporte público urbano.

Un Sistema de Transporte Público de calidad significa, ante todo, reconocer que todas sus partes conforman un sistema, lo cual implica coordinar e integrar los distintos modos, para que se complementen, no compitan de manera nociva, y en el que se optimicen recorridos y trasbordos, aportando cada modo en los tramos en que naturalmente resulta más eficiente.